วันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2426 (ค.ศ. 1883) พลังงานและแรงดันมหาศาลใต้เกาะภูเขาไฟกรากาตัวทำให้ภูเขาไฟเกิดการประทุขึ้นครั้งแรกในรอบ 200 ปี จากบันทึกของผู้ที่เห็นเหตุการณ์ บอกว่า การประทุครั้งนั้นมีเพียงปล่องเพอร์โบอิวาตันเท่านั้นที่ระเบิดและปล่อยขี้เถ้าออกมา แต่อย่างไรก็ตาม การระเบิดได้ทำให้เกิดเป็นเสียงระเบิดดังรุนแรง และได้เกิดคลื่น Shockwave ซึ่งเมืองเคทิมบังที่อยู่ห่างเกาะภูเขาไฟไปประมาณ 23 ไมล์ก็รู้สึกได้ถึงคลื่นนี้ เถ้าถ่านควันไฟอีกจำนวนมากถูกพ่นออกมา ผู้คนที่อยู่บนเกาะต่างประหลาดใจมากที่เห็นภูเขาไฟที่เงียบสงบมานานเกิดระเบิดขึ้น แต่ต่อมาเหตุการณ์นี้ค่อยๆสงบลง และหลังจากนั้นภูเขาไฟก็มีการระเบิดเล็กๆน้อยๆหลายครั้ง[3]

วันที่ 26 สิงหาคม ภูเขาไฟทั้งสามปล่องบนเกาะกรากะตัวได้เกิดระเบิดขึ้นอย่างรุนแรง ส่งผลให้เกาะสั่นสะเทือน เถ้าถ่านฝุ่นควันปลิวไปทั่วท้องฟ้า เกิดระเบิดขนาดกลางมาอีกหลายครั้ง ชาวบ้านต่างเกิดความหวาดกลัว ในคืนนั้น แม้ผู้ที่กำลังอยู่ในเรือที่อยู่ห่างจากกรากาตัวถึง 16 กิโลเมตรก็ยังเห็นการระเบิดอย่างชัดเจน และรู้สึกได้ว่าน้ำทะเลรอบเรือร้อนขึ้นมาก การระเบิดดำเนินไปอย่างต่อเนื่อง ผู้คนเริ่มล่องเรืออพยพไปจากเกาะ ส่วนผู้ที่เลือกจะอยู่ในเกาะก็พยายามหาที่กำบังให้ปลอดภัยที่สุด โดยที่ไม่มีใครรู้เลยว่า การระเบิดที่แท้จริงยังมาไม่ถึง

วันที่ 27 สิงหาคม เป็นวันที่เกาะกรากะตัวนั้นได้เกิดระเบิดครั้งใหญ่ที่สุด แรงระเบิดนั้นคร่าชีวิตทุกคนที่ยังอยู่บนเกาะ โดยภูเขาไฟบนเกาะได้ระเบิดอย่างรุนแรงต่อเนื่องรวมทั้งสิ้น 4 ครั้ง ครั้งแรกเมื่อเวลา 5:30 น. ครั้งที่สองเมื่อ 6:44 น. ซึ่งเป็นครั้งที่ทำให้เกิดสึนามิสูงกว่า 30 เมตร ครั้งที่สามเมื่อเวลา 10:02 น. ทำให้เกิดเสียงระเบิดที่ดังที่สุดเท่าที่มนุษย์เคยได้ยินมา และครั้งสุดท้ายเมื่อเวลา 10:45 น. ในเหตุการณ์ครั้งนี้ พื้นที่ร้อยละ 65.52 ของเกาะกลายเป็นเถ้าธุลีลอยสูงขึ้นไปถึง 80 กิโลเมตร ในรัศมี 240 กิโลเมตรจากเกาะถูกเถ้าธุลีเหล่านั้นบดบังแสงอาทิตย์จนมืดมิดคล้ายตอนกลางคืน เสียงระเบิดดังกึกก้องมาก จนเมืองปัตตาเวียที่อยู่ห่างจากกรากาตัวถึง 150 กิโลเมตร ผู้คนยังต้องเอามืออุดหูกันเสียงระเบิด และผู้คนที่อาศัยบนเกาะโรดริเกซซึ่งอยู่ห่างจากกรากาตัวถึง 4,776 กิโลเมตรก็ได้ยินเช่นเดียวกัน แรงแผ่นดินไหวที่เกิดขึ้นตรวจจับได้แม้แต่ที่สหราชอาณาจักร รวมแล้วมีผู้เสียชีวิตจากเหตุการณ์นี้ประมาณ 36,000 คน[4] หลังจากการระเบิดครั้งสุดท้าย เกาะภูเขาไฟได้ถล่มลงไปในบ่อแม็กม่าที่ว่างเปล่า ทำให้เกาะเหลือพื้นที่เพียง 1 ใน 3 จากพื้นที่เดิมเท่านั้น ปล่องเพอร์โบอิวาตันกับปล่องดานันถูกทำลายลงและจมลงไปในทะเลทั้งหมด สิ่งที่เหลือคือ ปล่องภูเขาไฟระกาตาที่ถูกทำลายไปแล้วครึ่งหนึ่ง และเกาะลัง กับ เกาะเวอร์ลาเต็นที่เคยล้อมรอบเกาะภูเขาไฟเท่านั้น